Ciao Daniele e benvenuto sul Forum.
Per le tecniche di pulitura degli insetti, sia da funghi che da altro, trovi diverse discussioni in questa stessa sezione. Comunque se ne può anche riparlare.
Per i lepidotteri non so che dirti. Ci penseranno altri.
Per i Coleotteri, posso darti qualche consiglio.
Intanto, possono essere attaccati da funghi diversi. In alcuni, il micelio è bianco o biancastro, costituito da ife fini e non molto resistenti. Questo tipo si rimuove abbastanza facilmente, e di solito si recupa la maggior parte degli insetti. A volte capita un micelio scuro, nerastro-rossiccio, con ife più grandi e tenaci. Quello è un caso più grave, anche perchè in genere il fungo ha attaccato i tessuti interni, disgregandoli, e cercando di pulire gli insetti questi si smontano.
Per pulirli ti consiglierei questo metodo:
- metti gli insetti in immersione in acqua ed alcool (50-60%). Il fungo morirà, e sia le ife che gli insetti si ammorbidiranno
- dopo qualche giorno, tiri fuori gli insetti e li pulisci con un pennellino, facendo attenzione a non staccare zampe o antenne. Dopo la prima passata li sciacqui in alcool, e procedi, se necessario con una seconda ed eventualmente una terza passata.
- Per sicurezza, alla fine puoi metterli in acetone per un po', poi li estrai, li metti tra due strati di carta igienica per alcuni minuti, poi li prepari e li lasci finire di asciugare e seccare.
- Una volta secchi, rimetti i cartellini e puoi rimetterli nelle scatole.
Per funghi più tenaci, si può provare con la benzina rettificata.
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Tale errata conservazione ha determinato la comparsa di micelio fungino sugli insetti conservati. 
Qualcuno sa come rimuovere il micelio senza rovinare gli insetti? Si tratta soprattutto di coleotteri e farfalle. Il micelio non si rimuove meccanicamente, anche per via della fragilità degli insetti conservati.