La tua foto con stacking fa capire una cosa: non è un problema di planarità. Altrimenti lo stacking lo avrebbe risolto in gran parte. E' invece un problema di qualità decrescente verso i bordi.
Per risolverlo, oltre a tagliare la parte esterna dell'immagine, c'è una sola soluzione definitiva: cambiare obiettivo.
Ovviamente la soluzione ideale sarebbe quella indicata da Carlo. L'MP-E 65 mantiene una qualità quasi identica dal centro fino al bordo. Io, che lo uso con una Canon 550D, che non ha il sensore FF, e quindi non arriva a inquadrare la parte più esterna del campo consentito dall'obiettivo, non riesco a notare la differenza tra centro e bordo del campo inquadrato. Il problema è che costa parecchio. Se però hai intenzione di usarlo molto, forse vale la pena farci un pensierino. Eventualmente, si riesce a spuntare un presso migliore (tra 800 e 900 Euro) da alcuni venditori Ebay inglesi (dove l'ho preso anche io), escludendo i cinesi, perchè aggiungendoci l'IVA che dovresti pagare per sdoganarlo, ti verrebbe a costare di più. Purtroppo, se non sbaglio, tu non hai un corpo macchina Canon, ma Pentax. Per cui dovresti anche prendere un corpo Canon. Le full frame costano veramente troppo, però una soluzione decente sarebbe l'acquisto di un corpo usato in buone condizioni di una 40D. E' un modello vecchiotto e con soli 10,1 Mp, ma le immagini sono di buona qualità, è di buona costruzione e ha le caratteristiche che servono per questo tipo di foto (tra cui lo scatto silenzioso, che la mia non ha). Ho avuto modo di provarne una per un po' di tempo, e ne vale la pena. Altrimenti una più recente 50D. Costa un po' di più, ma sempre abbordabile, e con sensore di 15,1 Mp.
Se non hai intenzione di spendere così tanto, l'unica è cercare un obiettivo da ingranditore che abbia una qualità migliore.
Considera che il tuo LPL è uno dei più economici, eppure già surclassa il 50 mm Pentax da reflex.
Tra i vari obiettivi da ingranditore che ho provato, e di cui ho una scatola piena, comprati tutti su Ebay a prezzi più o meno stracciati, quello con cui mi sono trovato meglio, e che uso regolarmente per fare foto ad ingrandimento minore di 1X (per gli ingrandimenti maggiori uso l'MP-E o gli obiettivi da microscopio) è
questo.
Come ho già scritto nell'altra discussione, fino a 1x va benissimo, ad ingrandimenti maggiori la qualità decresce, ma fino a 2x resta buona. Ad ingrnadimenti superiori andrebbe usato rovesciato, ma io non sono riuscito a trovare un anello step-up o step-down per poterci montare un anello invertitore. Bisognerebbe farselo costruire da un tornitore.
Per raggiungere ingrandimenti maggiori con buoni risultati, in pratica, per il campo di dimensioni che ti serve, sarebbe meglio un 50 mm o anche un 40 mm. Ne ho provati diversi, ma nessuno mi ha impressionato per qualità. Ho anche quello che dovrebbe essere il fratello "migliore" del El - Nikkor 75/4, ovvero EL - Nikkor 50/2.8, che però non mi piace affatto come risultati (l'immagine risulta sempre sbiadita, sia montandolo dritto che rovesciato - questo ha una filettatura per cui si trovano anellli adattatori), malgrado ne parlino bene. Forse peggio, ma almeno costa pochissimo, l'El - Nikkor 50/4, che sconsiglio.
Alla fine, tra i vari 50mm che ho, quelli che funzionano meglio sono un Apo Rodagon (che ho preso a poco perchè corroso da un fungo su un margine della lente interna in fluorite) e un obiettivo di marca strana identico al tuo LPL.